據貴陽市建筑設計院機電院院長蘇平女士介紹：
本次通風空調設計有兩大難點：一是要求設計以最快的時間出圖，工程以最快的時間完工。所以在設計過程中要充分考慮送排風系統中大量的設備、過濾器、閥門、風口等產品生產廠家是否有庫存？現場采購是否滿足工期要求？如部分設備供貨無法滿足工期是否有簡化或替代等？
二是在以上不利情況下，通風空調系統要保護醫護人員的安全，不能使污染空氣進入醫生休息區域，要保證醫院內的清潔空氣流向為：半清潔區至半污染區至污染區。除此以外還要使病房及醫生辦公室的溫度滿足醫患兩方的舒適要求。所以，此次將軍山醫院設計在通風空調工程設計方面主要有以下三個特點：
一、采暖空調
根據新冠病人抵抗力較弱對室內溫度要求較高的特點，本次設計病房區域采暖系統采用兩套系統解決，一是每間病房均設置帶輔助電加熱的分體空調，二是在空調器供暖的基礎上增設集中暖氣片供暖系統。供暖鍋爐為節能型燃氣冷凝鍋爐。
二、送排風系統
1）系統基于避免空氣交叉污染的原則對半清潔區、半污染區、污染區分別設置獨立的送排風系統，上述區域之間（相鄰）通過滿足壓差不小于5帕實現空氣流向由半清潔區至污染區。對病房、衛生間、污洗間、污物間、病人通道、處置室等處設置以排風系統為主的通風系統（排風量大于送風量）。對醫生休息區設置以送風為主的通風系統（送風量大于排風量）。
2）考慮到裝配式集裝箱建筑的特點，針對集裝箱建筑防不勝防的漏風狀況（箱體與箱體之間，管道穿墻、穿樓板較多等），及由此帶來的病房負壓調節控制困難的問題，采用適度增大房間通風換氣次數、通風系統風機風量風壓增大保險系數的措施，以達成相鄰區域不下小于5帕的要求。
3）為保證送排風系統連續運行的安全要求，每個送排風系統均設置兩臺風機，滿足互為備用及循環使用的要求。
4）送排風系統均設置粗中高三級過濾器，排風出口均高于屋頂3米以上，且避開常年主導風向，送風系統取風口距離排風口垂直高度均大于6米。
5）充分滿足國家衛健委及住建部《新冠肺炎應急救治措施負壓病區建筑技術（試行）》的有關規定。病房排風口位于病床下方，單人病房設置一個排風口、雙人病房設置兩個排風口。病房送風口位于醫護人員可能經常站立的位置。
三、消防排煙系統
本次設計雖然為應急建筑，但其消防排煙設施嚴格執行國家的防火規范要求。對病員通道等有外窗的區域采用自然排煙，對內區醫護通道及建筑面積大于50平米的黑房間均設置機械排煙系統。